Анализ методом ПЦР проводится при подозрении на конкретную инфекцию.
ПЦР-диагностика назначается при подозрении на инфекции, вызывающие тяжелые заболевания (прежде всего, инфекции, передающиеся половым путем). В этих случаях важно убедиться, находится ли инфекция в организме или нет, то есть важно само присутствие вируса, а не его активность. Однако метод ПЦР позволяет анализировать и количественные характеристики, поэтому с его помощью можно оценивать интенсивность патологических процессов, протекающих скрыто и не доступных другим методам диагностики.
Также с помощью ПЦР оценивается эффективность лечения: удалось ли полностью избавиться от возбудителя заболевания, или насколько удалось снизить его присутствие.
Метод ПЦР используется также для диагностики онкологических (раковых) заболеваний.